TruSight RNA Pan-Cancer

TruSight RNA Pan-Cancer Panel

Панель исследует 1385 раковых генов - экспрессия генов, определение вариантов и обнаружение фьюженов во многих типах образцов РНК, включая кровь, костный мозг, ткань FFPE.

TruSight RNA Pan-Cancer panel предназначена для проведения детального анализа транскриптома рака. Особенности:

• Информация об экспрессии генов, определение вариантов, обнаружение фьюженов с известными и новыми партнёрами
  

• Оптимизированный протокол для образцов с малым количеством стартового материала для целого комплекса различных типов образцов, включая FFPE

• Комплексный взгляд на пути развития рака

• Экономичное секвенирование РНК (RNA-Seq) на настольном секвенаторе

Высокочувствительное и экономически выгодное таргетное секвенирование

TruSight RNA Pan-Cancer panel позволяет количественно измерять экспрессию генов, а также обнаруживать фьюжены генов как с известными, так и с новыми фьюжен-партнёрами генов. Для работы с панелью достаточно всего 10 нг выделенной РНК (или 20 нг из FFPE образцов). Фокус на релевантных генах позволяет с высокой чувствительностью секвенировать 8 образцов за запуск на настольном секвенаторе, представляя экономически эффективное NGS-решение для любой лаборатории.

Интуитивный анализ данных

Анализ может быть выполнен с помощью приложения RNA-Seq Alignment BaseSpace. Этот интуитивно понятное приложение выполняет обнаружение фьюженов и определение вариантов, а также определяет профили экспрессии генов, предлагая комплексное решение для всех исследователей рака.

Массив данных образцов TruSight RNA Pan-Cancer

MiSeq Data

10 нг референсной РНК человека (UHR), референсной РНК головного мозга человека (Brain), РНК клеточной линии (MCF7) и 20 нг FFPE РНК опухоли молочной железы (BT) были приготовлены с использованием TruSight RNA Pan-Cancer Panel и секвенированы на Системе MiSeq. Картирование прочтений и определение фьюженов были выполнены с использованием приложения RNA-Seq Alignment App с STAR aligner на BaseSpace Sequence Hub.

Подробнее о проекте

MiniSeq Data

Образцы референсной РНК человека (HBRR и UHRR), клеточной линии РНК (MCF7) и РНК опухоли молочной железы были приготовлены с использованием TruSight RNA Pan-Cancer panel, и 8 образцов были секвенированы на системе MiniSeq при длине прочтения 2x76 bp с одной индексацией. Общий выход составил 4,2 Gb с 96,8% оснований на уровне Q30 или выше.

Подробнее о запуске

Подробнее о проекте

Доступ к этим данным требует входа в BaseSpace Sequence Hub. Регистрация в BaseSpace Sequence Hub.