TruSight Myeloid
Набор TruSight Myeloid Sequencing Panel предназначен для выявления вариантов, связанные с миелоидными злокачественными новообразованиями, такие как AML, MDS, MPN, CML, CMML и JMML.
TruSight Myeloid Sequencing Panel
Этот набор нацелен на варианты, связанные с миелоидными злокачественными новообразованиями, такими как AML, MDS, MPN, CML, CMML и JMML.
Содержание панели было разработано консорциумом признанных экспертов по заболеваниям рака крови и предназначено для изучения генов, связанных со следующими заболеваниями:
-
Острый миелоидный лейкоз (ОМЛ)
-
Миелодиспластический синдром (МДС)
-
Миелопролиферативные новообразования (МПН)
-
Хронический миелогенный лейкоз (ХМЛ)
-
Хронический миеломоноцитарный лейкоз (CMML)
-
Ювенильный миеломоноцитарный лейкоз (JMML)
TruSight Myeloid Sequencing Panel охватывает 15 основных генов (только экзоны) и 39 дополнительных генов (онкогенные хотспоты), обеспечивая всестороннюю оценку ключевых генов, которые участвуют в миелоидных злокачественных новообразованиях. Данный набор представляет собой точное и экономически эффективное решение, которое позволяет исследователям профилировать гемобластозы.
Библиотеки TruSight Myeloid идеально подходят для запусков на настольных секвенаторах для выполнения выравнивания и определения вариантов с помощью рабочего процесса MiSeq Reporter или Local Run Manager Amplicon с Somatic Variant Caller. Фильтрация и аннотация могут быть выполнены с использованием BaseSpace Variant Interpreter.
Спецификации
| Время анализа | 8 часов |
|---|---|
| Время непосредственно ручной работы | 3 часа |
| Количество стартового материала | 50 нг |
| Описание |
Для изучения соматических мутаций при миелоидных злокачественных новообразованиях |
| Особенности содержимого |
Нацелено на 54 гена, связанных с миелоидными злокачественными новообразованиями. Зонды амплифицируют 568 ампликонов из генов-супрессоров опухолей и мутационных хотспотов |
| Мультиплексирование | До 96-plex |
| Для работы с какими платформами подходит |
MiniSeq, MiSeq, MiSeqDx (в исследовательском режиме), NextSeq 500 |
| Класс вариантов |
инделы (вставки-делеции), соматические варианты |
| Тип нуклеиновой кислоты | ДНК |
| Специализированные типы образцов |
Несовместимые с FFPE |
| Метод |
Секвенирование ампликонов, Таргетное ДНК Секвенирование |
| Для исследования каких видов подходит |
Человек |
| Тип рака | Гематологический |
| Технология | Секвенирование |
Рекомендации по проекту
|
Секвенатор |
Рекомендуемое количество образцов | Длина прочтения |
|---|---|---|
|
MiniSeq |
Образцов за запуск: mid output: 2-3, high output: 8 (на основе > 500-кратного покрытия 95% ампликонов) |
до 2 х 150 п.о. |
|
MiSeq |
8 образцов за запуск - реагенты v3 (на основе > 500-кратного покрытия 95% ампликонов) |
до 2 х 150 п.о. |
| NextSeq 550 |
Образцов за запуск: mid output 48, high output: 96 (на основе > 500-кратного покрытия 95% ампликонов) |
до 2 х 150 п.о. |
Сравнение наборов
|
TruSight Myeloid Sequencing Panel |
AmpliSeq for Illumina Myeloid Panel |
AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2 |
|
| Время анализа | 8 часов |
5.5 – 7.5 часов (время включает в себя только подготовку библиотеки и не включает в себя определения качества библиотеки, нормализацию или пулирование) |
5 часов (время включает в себя только подготовку библиотеки и не включает в себя определения качества библиотеки, нормализацию или пулирование) |
| Время непосредственной работы руками | 3 часа | <1,5 часов |
<1,5 часов |
| Тип рака | гематологический | гематологический |
Pan-Cancer, Солидные Опухоли |
|
Особенности содержимого |
Нацелено на 54 гена, связанных с миелоидными злокачественными новообразованиями. Зонды амплифицируют 568 ампликонов из генов-супрессоров опухолей и мутационных хотспотов |
Нацеленность на биомаркеры по 69 генам (40 ключевых генов-мишеней ДНК, 29 генов-драйверов фьюженов РНК и уровни экспрессии 5 генов) |
хотспоты 50 генов с известными ассоциациями с раком |
| Количество стартового материала |
50 нг |
20 нг ДНК высокого качества, 10 нг РНК высокого качества (рекомендуется 10 нг на пул) |
1–100 нг (рекомендуется 10 нг на пул) |
| Описание |
Для изучения соматических мутаций при миелоидных злокачественных новообразованиях |
Таргетная панель для изучения 40 генов ДНК, 29 генов-драйверов фьюженов РНК и уровни экспрессии 5 генов) |
Соматический анализ участков хотспотов 50 генов, связанных с раком. |
| Мультиплексирование |
До 96-плекс |
До 96-плекс |
96 dual index combinations |
|
Для исследования каких видов подходит |
Человек |
Человек |
Человек |
| Метод |
Секвенирование ампликонов, Таргетное ДНК Секвенирование |
Секвенирование ампликонов, Таргетное ДНК Секвенирование, Таргетное РНК Секвенирование |
Секвенирование ампликонов, Таргетное ДНК Секвенирование |
| Тип нуклеиновой кислоты | ДНК | ДНК, РНК | ДНК |
| Специальные типы образцов |
Несовместимые с FFPE |
Кровь, Костный мозг |
Кровь, ткани FFPE |
MiSeq System
NextSeq 550 System